祁门红茶的制作工艺特别考究，分为初制、精制两大过程。初制奠定品质的基础，而精制则将相对粗糙的毛茶升华而成丰神俊秀的上品。初制四道工序，精制十几道工序，近十个级别，几十种花色，极尽繁复考究，每一个动作都是不厌其烦的重复、倾尽心血的工夫，为其他工夫红茶所不能比拟，所以祁门红茶又被称为“祁门工夫红茶”，更被誉为中国工夫红茶的代表。
一、采摘
祁门红茶的采摘是春夏两季完成，最好的时间则是在4月5～15日，就是农历清明后到谷雨之前。这个时候是春天里茶树的第一批芽叶刚刚萌发出来，此时的芽头是最鲜嫩也最漂亮的时候。
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以前，祁门红茶全部用来加工工夫红茶，采摘标准以一芽二、三叶为主。近年开始制作红毛峰、红香螺等花香型红茶，采摘日趋细嫩，早春茶采摘越来越多的一芽一叶，甚至是单芽。
二、萎凋
鲜叶在采摘后第一步会通过萎凋开始制作，萎凋是将摘下的鲜叶通过摊晾，使其叶片中的水分均匀地散失，将叶片萎蔫凋谢。
三、揉捻
在鲜叶经过萎凋之后，便要开始进行茶叶成形的第一步，揉捻。
通俗地说，揉捻就是把萎凋叶像揉面一样搓揉，使其形成条状的过程。揉的过程中，重要的是让茶叶里的细胞破碎，让茶叶里的茶多酚与空气中氧气接触，发生酶促氧化，为下一步的发酵打下基础，同时有利于红茶香气的形成。
四、发酵
如果说揉捻为祁门红茶的品质打下了基础，那么发酵可以说是形成祁红品质的关键。
发酵是制作红茶的关键步骤，也是红茶变红的决定性过程。经过揉捻的茶叶只有经过发酵后，绿色的茶叶才会逐渐转化为红色，形成红茶特有的色、香、味。
五、烘干
初制最后的工序便是干燥了，通过高温烘焙，一方面是终止酶活性，防止发酵过度；二是将茶叶中的水分烘至7%以下，利于茶叶的保存；三是丰富和发展香气。
干燥时在高温作用下，散发具有青草气的低沸点香气物质，同时糖类物质和氨基酸发生糖氨反应，生成具有蜜糖香气的物质，内酯类、萜烯类、醇类等具有果香花香的香气物质大量生成而形成祁门红茶“似花似果似蜜”的香气特点。
经过初制的祁门红茶叫做红毛茶，红毛茶还需要经过精制才能成为商品茶。祁门红茶是所有红茶里最费工夫的，费工夫的重点就体现在精制的过程里，所以经过精制的祁门红茶又被叫做“祁门工夫红茶”。精制的目的是整饬形态、分别等级、剔除杂物、减除水分、发展香气等，使茶叶达到外形漂亮、内质丰富。
祁门红茶传统手工的精制工序分别是初抖、分筛、打袋、毛抖、毛撩、净抖、净撩、挫脚、风选、飘筛、撼筛、手拣、拼配、补火、匀堆、装箱等，一共有16道，其中的手工制作工序主要有筛分、打袋、风选、拣剔、补火和官堆等。
筛分：制好的毛茶先经过抖筛，初步分出茶叶大小。手工抖筛也叫吊筛，筛沿的一端用一根绳子系在高架上，另一端用手抖动筛子。抖筛的关键是靠手腕和脚踝用力，让茶叶布满筛面并均匀地抖动。抖筛之后要进行分筛，分筛是要分出多个号头。分筛的时候手一定要端平，匀速地晃动，一旦倾斜就会走料，好茶就筛不出来了。
打袋：分筛之后要把筛上的大茶头打小，这道工序叫“打袋”。把茶盛在布袋内，向石块上摔打，要求茶师掌握好摔打的力度和次数，一般打三次，布袋左右两侧和正面各打一次，以免打过头和单面受力，形成过多的碎末。打过再进行筛分，条索大的还要继续摔打，逐次降级，直到不能做工夫茶为止。
风选：风选的目的是分出轻重，剔出轻质茶。手工传统工艺中用木质风扇操作此过程，通过人工手摇风扇，进茶口的茶叶中身骨较重的茶叶从本身出口吹出，身骨较轻的茶叶从子口吹出，子口处的茶叶需要再进风扇中进行风选，多次反复，直至分选出不同规格标准的茶。
飘筛：飘筛用于弥补风选不足，剔出轻质黄片。
撼盘：制茶师有节奏的将撼盘中的茶叶飘起，轻的茶叶就被飘到撼盘外，从而弥补风选不足，剔出轻质茶。
拣剔：将筛分过的各号茶中的轻片、破叶、黄片、茶梗和杂物加以剔除，大都由女工手拣，用风车及其他器具辅助。
拼配：不同号头的茶品质略有差异，将各号头按一定比例拼合出符合规格的成品茶小样，以保证祁门红茶传统正宗恒定的品质特点，这项工作只有最有经验的老师傅才能完成。
补火：因筛分和拣剔时难免有潮气侵入，故在装箱前还得补火一次。补火是将筛拣好的茶放置烘笼上，笼下用炭火烘焙。补火十分讲究对火候的掌握，除了进一步散去水分，以便于储存外，补火也会起到发展茶叶香气，改善品质的作用。
官堆：又称“匀堆”。将补火后的各号茶，分层倒入官堆场中，做成方形高堆，用木齿耙向外梳耙，使茶叶混合流下，即为小堆，再按上述方法进行大堆，使各号茶混合均匀，即可装箱成为精制红茶。