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1.科技含量不高，制约着茶叶产品质量的提升
茶业科技含量不高，这是南京市茶叶产业化发展的“瓶颈”之一，主要表现在三个方面：一是茶叶良种特别是无性系良种推广应用的比例相当低，95%以上的现有茶园为种子直播，与无性系良种茶相比，开采迟、芽头不整齐、鲜叶质量低，从而严重影响了茶叶产品的质量；
二是茶园田间管理技术相对落后，特别是茶园的机械化修剪和机械化采摘技术、茶叶的无公害栽培技术、无性系良种的繁育技术和茶资源的综合利用技术等普及应用率较低，导致茶叶生产成本相对上升、茶叶亩产量不高，严重阻碍了茶叶商品性、茶园效益和产品市场竞争力的提高，根据浙江省农业厅2001年的调查结果表明，推广应用机械化采茶技术，每公斤鲜叶成本仅为0.21元，比手采成本0.61元接生65%以上，机采台时产量为243公斤，比手采提高工效10.5倍；
三是茶叶综合加工技术落后，产品附加值较低，主要表现在茶叶多为初级产品，结构单一，茶叶深加工产品如速溶茶、茶饮料、袋泡茶和茶叶天然产物的提取等几乎是空白，严重影响着地产茶叶产品档次、市场竞争力的提高。
2.产销衔接脱节，制约着茶业整体效益的提高
产销衔接脱节，这是我市茶叶产业化建设的“瓶颈”之二。主要表现在三个方面：一是目前我市茶叶生产和经营仍然建立在生产者的小农经济思想和经营者的最原始的买卖关系上，存在着生产的盲目性和经营者对生产的依赖性，产加销一体化程度很低，茶叶销售仍然是“提篮小卖”，千家万户奔市场，市场风险大；二是生产者和经营者之间缺乏有效的利益分配和联接机制，缺乏沟通生产与市场的载体，中介组织发展相对滞后，茶叶生产经营的组织化程度低，导致我市茶叶发展总体上水平低、规模小、市场流通无序；三是市场体系不健全，全市现有近400家茶场，却没有一个专业性的茶叶批发市场，经营分散带来市场秩序的混乱，而相邻的浙江省全省建有各类茶叶市场105家，年销售量22017吨，经营额达到11.421亿元。
3.投入严重不足，制约着茶业发展后劲的增强
对茶业有效投入的不足，这是我市茶叶产业化发展的“瓶颈”之三。主要表现在三个方面：一是对茶业建设资金的投入不足，我市新发展的茶园一般每亩投入包括种子、肥料、农药、人工开沟等在500-1000元，发展无性系良种茶园的投入也一般在1500-2000元左右，导致田间管理跟不上、基础设施不配套、抵抗自然灾害的能力较差，而全省茶叶经济效益较高的常熟市虞山茶场发展无性系良种茶园每亩投入高达1万元，实现了高投入、高产出的目的；二是对茶园管理的投入不足，特别是茶园有机肥料、田间管理用工和茶园生态建设等方面的投入不足，导致茶园园象差、茶园退化、单产低、效益下降；三是茶叶加工环节投入不足，特别是对名茶生产机械、茶房建设、环境卫生建设等投入不足，导致茶叶产品加工水平较低、产品质量受影响、产品趋同缺乏特色等。
4.运行机制落后，制约着茶业规模的扩张
目前全市一些大的国有茶场仍然存在着“吃大锅饭”的现象，经营体制僵化，运行机制明显落后，还没有真正建立起产权清晰、管理科学的现代企业制度。不少国有茶场安于现状，产品销售仍然主要依靠集团消费，还没有真正走出茶场走向大市场，缺乏开拓市场和做大做强企业的意识和动力，导致企业经营规模和经营效益停滞不前，到目前为止，全市茶叶企业经营规模最大的也不过700万元左右。