有关红茶菌有益人体健康的作用机理到目前为止还没有完全搞清楚，但国内外的专家学者通过研究，从红茶菌的性质和成分出发初步阐述了其作用机理。
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清理肠胃，帮助消化，抑制有害菌，防治胃肠道疾病，预防结肠癌的发生。红茶菌能降低胃的pH值，而胃肠道上部的酸化作用对健康很有益处，对胃肠道中的有害菌如与胃炎、胃溃疡和胃癌有密切关系的幽门螺杆菌等有拮抗作用，还可以预防结肠癌的发生。
(相关资料图)
Kim等人(1994)在对肠道细菌的葡萄糖苷酶和葡萄糖苷酸酶的特性的研究中发现，这两种酶的活性随着pH的升高而增强，在pH7时的活性是pH6时的5—10倍，他们认为高pH值环境可以诱导这两种酶的活性，从而导致结肠癌的发生。
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饮用红茶菌可以维持血液正常的pH值。医学研究表明，癌症患者血液pH值为7.56，而正常肌体的血液pH值为7.5以下。静脉血的血清学检测表明，红茶菌饮料可以显著地使血液保持正常的pH值，这一发现对研究红茶菌预防和治疗早期癌症的原因有重要的意义。
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红茶菌中的主要成分—醋酸，是对健康有益的物质。现代医学证明，醋酸具有消除疲劳、增强食欲、帮助消化、防治高血压和动脉硬化的作用，还具有一定的抗肿瘤、防肥胖，使钙易于被人体吸收、保持骨骼的柔韧以及润肌嫩肤的作用。
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葡萄糖醛酸是红茶菌的解毒抗癌功能因子之一，它是人体肝脏中最主要的解毒物质之一。葡萄糖醛酸可与外源的毒素或人体代谢产生的内源有毒物质相结合，变成水溶性的葡萄糖苷酸，并一起排出体外，从而使可能引起身体各种病变的或已经发生病变的毒素被及时清除，起到防病和治病的良好效果。
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红茶菌中的葡萄糖酸能与重金属结合形成水溶性复合物，帮助人体排出有害的重金属元素。有研究表明新的红茶菌饮用者尿中的重金属含量增加。
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红茶菌中含有大量茶叶浸出物，因此红茶菌具有茶的保健功效。如茶多酚是一种天然抗氧化剂，能延缓人体衰老；茶多酚具有抗辐射、抗炎症等功能；茶中的绿原酸、儿茶素、VC、VE等都有保护皮肤的功能。
从专业的角度来判断，红茶菌的主要功效成分来源是醋酸和茶叶的有效成分，以及微生物的代谢产物，如前面提到的葡萄糖醛酸、葡萄糖酸等物质成分。对红茶菌的评价，也应该注意其安全问题。虽然红茶菌是不加防腐剂的天然饮料，但其中所含的微生物以及非专业制作过程造成的污染也会引起副反应。