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要注意的是，莲子心具有较低的毒性，不是普通食品。2008年，原卫生部曾在回复函中称，‘莲心含有多种生物活性物质，在我国缺乏单独作为食品原料的使用历史和食用安全证明。’
因此，莲子心很少被直接食用，更常被作为一种‘药’使用。
日常的开水冲泡，很难使莲子心中的生物碱发挥活性作用，所以作为日常饮品饮用是可以的，只是很难有明显的保健效果。而从安全性考虑，不推荐经常直接食用。
气候炎热时，那些平素身体强壮的人，常会出现鼻干、咽痛、目赤等上火的情况，这时如果要用莲子煲糖水，莲子就不需去芯。
患更年期综合症的妇女一般既有气血亏虚，又有心肝火盛，因此药食治疗时，也常建议选用带心的莲子。
小孩子心肝火盛，经常容易烦躁，这种情况可以用莲子煮汤给他们服食，因为莲子芯能清心除烦，莲子肉则能使他们的脾胃健运，这是一种清而不伤的方法。