普洱茶的安全问题一直备受关注，尤其是普洱茶中的菌群到底是有益菌，还是有害菌？这个问题经常被茶友们提起，许多专家学者也在不断研究，目前来说，只要是采摘无农残鲜叶制作且生产工艺合格的普洱茶，通过多年的研究至今还未发现普洱茶中存在有害菌。但不能排除仓储不当造成的有害菌出现，言外之意就是只要无农残鲜叶按合格的标准生产制出的普洱茶，合理仓储就不会产生有害菌群。普洱茶在后期的发酵是非常复杂的，由于普洱茶中的蛋白质含量相对较少，使得有害菌很难生存。在酸性环境下，有害菌很难生存，大多数是有益菌，普洱茶发酵呈弱酸性，因此大多数为有益菌。另外，茶叶中的多酚类物质会抑制有害菌的生长。
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在普洱茶的品质形成过程中，除了湿热反应、氧化反应外，微生物参与的发酵对品质形成十分重要，在现有的研究中，已经发现的主要微生物有以下几种：
一、黑曲霉
黑曲霉是一种低等真核生物，作为世界公认的安全可食用性，广泛分布于世界各地的粮食、植物性产品和土壤中。是重要的发酵工业菌种，可生产淀粉酶、酸性蛋白酶、纤维素酶、果胶酶、葡萄糖氧化酶、柠檬酸、葡糖酸和没食子酸等。作为参与普洱茶品质形成的重要菌种，研究其生命周期极其代谢产物变化有着重要意义。普洱茶生茶属于后发酵茶，熟茶属于半发酵茶，无论熟茶还是生茶，在发酵的过程中，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉数量始终处于优势地位，黑曲霉可以产生数十种酶，可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和非可溶性化合物等有机物。水解产物大多为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出、扩散，为增强茶汤的滋味和形成普洱茶干滑、醇厚的品质特色奠定了坚实的物质基础。所以说，在普洱茶发酵过程中黑曲霉代谢产生的有机酸和酶对普洱茶品质的形成有着重要的作用。并且在普洱茶熟茶渥堆过程中黑曲霉始终是以优势菌群作用于普洱茶。
二、产黄青霉
在普洱茶后发酵或渥堆过程中产黄青霉产生多种酶类及有机酸，同时其代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌有良好的消除和抑制生长作用。因此，我们认为产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅助作用。
三、根霉菌
根霉菌的淀粉酶活力较高，能产生有机酸，还产生芳香的酯类物质，但由于分泌果胶酶能力强，普洱茶在熟茶渥堆中茶叶软化也与该霉滋生有关。根霉菌最适合的生长温度在20-30摄氏度，所以在渥堆中的每个阶段，控制好适当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
四、灰绿曲霉
此菌种会使食品腐烂变质，长见于土壤、火腿、酒曲、酱油等。生产中应尽量避免菌群的滋生。经长期实验及观察发现，在普洱茶中很少出现此菌群，因为各类微生物的介入，灰绿曲霉得到了很大的抑制，故在生产合格的普洱茶中是不会出现该菌群的，但需要注意的是，在生产普洱茶熟茶的过程中，控制堆温、改善制茶环境卫生成为了控制滋生灰绿曲霉出品优质普洱熟茶的关键环节。
五、酵母菌
在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动创造了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。加之霉菌能利用各种多糖作为碳源进行糖代谢，并产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁殖。当提供有利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为香甜、醇滑的特点。可见，普洱茶熟茶中的甘甜、醇厚品质特点的形成直接与酵母菌消长相关。也就是说，普洱茶所表现出的陈香、醇、甘、滑等品质特点与发酵过程中的优势菌种是分不开的。
酵母菌在普洱茶品质形成过程中起着重要的作用。如果在普洱茶渥堆过程中数量控制得当，可以增加普洱茶的有效营养物质以及对人体有保健作用的物质，赋予普洱茶区别于其他茶类的有独特疗效的品质特点，而且有利于形成普洱茶甜、醇、香等品质风格。但是，如果控制不当，则会形成辣、刺、叮、麻、挂、锁、酸等不利的物质，影响和降低普洱茶的品质。所以，良好普洱茶具有的甘滑、醇厚、活顺、陈香等品质特点与酵母在普洱茶渥堆中的作用有密切的关系。
六、细菌
细菌与普洱茶在普洱茶渥堆过程中，细菌数目极少，没有发现致病细菌，这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制细菌的生长。同时，国内外研究表明，茶叶中的茶多酚也能抑制对人或动物有致病性的细菌的生长繁殖。
在普洱茶的发酵过程中，除上述几种微生物外，还有少量和极少量未检出的微生物。结合普洱茶发酵过程中主要微生物的消长变化与品质关系的研究结果可知：普洱茶制作过程中微生物的菌种变化是极其复杂的。从不同处理比较分析可知，黑曲霉始终处于优势地位，酵母菌的总数居次，细菌数目极少，没有发现有致病细菌。无论普洱茶的后发酵还是渥堆过程中，微生物都对普洱茶的品质形成产生了至关重要的作用。